O juiz federal diretor do foro, Danilo Fontenelle Sampaio definiu os procedimentos para funcionamento do protocolo externo da Justiça Federal no Ceará. As normas que disciplinam os serviços do protocolo externo foram estabelecidas pela Portaria nº 494, de 20 de junho de 2005, que revogou as portarias nº 440, de 19 de agosto de 2003, e nº 251, de 16 de março de 2005.
O atendimento do protocolo externo apenas é habilitado a condutores de veículos automotores, uma vez que os pedestres deverão utilizar o protocolo comum, disponibilizado no edifício-sede. Podem ser recebidas petições de processos em andamento e petições iniciais comuns, excetuadas as petições de natureza urgente, que devem ser entregues no protocolo comum.
Quanto às petições iniciais, apenas podem ser recebidas pelo protocolo externo se dirigidas às varas federais da capital, à exceção das dirigidas aos juizados especiais da capital, que poderão ser recebidas somente nas sextas-feiras, depois do encerramento do expediente regular do Fórum Federal.
De acordo com a portaria, as petições destinadas ao Tribunal Regional Federal da 5ª Região -TRF 5ª devem ser entregues diretamente no protocolo instituído no edifício-sede, durante o expediente regular. As petições oriundas de órgãos e entidades deverão ser entregues diretamente no protocolo comum.
A expedição de certidões de distribuições restringe-se ao atendimento de solicitações cuja urgência não possibilite o aguardo do expediente regular, atinentes a casos de privação de liberdade ou à participação em concursos públicos ou licitações, casos que deverão ser documentalmente comprovados. O protocolo externo funciona das 8h às 20h, de segunda a sexta-feira.