A Justiça Federal, no desempenho da sua competência definida no art. 109 da Constituição Federal, exerce sua jurisdição territorial no Estado do Ceará mediante a distribuição das Varas Federais em microrregiões definidas pelo Tribunal Regional Federal da 5ª Região, com sedes nos municípios de Fortaleza (varas da 1ª à 14ª, 20ª, 21ª, 26ª, 28ª, 32ª e 33ª), Limoeiro do Norte (15ª e 29ª), Juazeiro do Norte (16ª, 17ª e 30ª), Sobral (18ª, 19ª e 31ª), Crateús (22ª), Quixadá (23ª), Tauá (24ª), Iguatu (25ª), Itapipoca (27ª) e Maracanaú (34ª e 35ª).
Divididas em varas comuns e juizados especiais federais, nelas todas tramitam ações em que algum órgão do governo federal funciona como autor ou réu. Integrada por um competente e qualificado corpo funcional de Magistrados e Servidores, a Justiça Federal possui longa tradição no Estado do Ceará de uma prestação jurisdicional de qualidade, sempre elogiada por quantos a procuram. Instalada no Ceará em 1967, a Justiça Federal mantém-se fiel a sua missão de transformar o Direito num instrumento efetivo de paz social.